376 Arbeiten
Dieses Kapitel fasst computergestützte Strategien zur Erforschung von RNA-Konformationsensembles zusammen, beleuchtet dabei zentrale Herausforderungen wie Stichprobeneffizienz und Kraftfeldgenauigkeit anhand konkreter Fallstudien und skizziert zukünftige Richtungen durch die Integration experimenteller Daten und maschinelles Lernen.
Die Studie zeigt, dass kleine extrazelluläre Vesikel aus der embryonalen Rindenregion neuroprotektive Wirkungen entfalten, indem sie über BDNF und die CaMKIIα-Signalachse die Mikrotubuli-Stabilität und mitochondriale Funktion in alternden Neuronen wiederherstellen.
Die Studie zeigt, dass der Transkriptionsfaktor FOXC1 über die Induktion von ARHGAP36 und die Hemmung von PKA die Hedgehog-Signalweg-Aktivität steigert, was in murinen Zellen zu einer Resistenz gegen pharmakologische Hemmung führt und in Neuroblastom-Patienten mit einem verbesserten Überleben assoziiert ist.
Die Studie zeigt, dass die Transkriptionsinitiation in Spirochäten durch eine kompensatorische CarD-abhängige Promotor-Melting-Fähigkeit, ein frühes Freisetzen des -35-Elements und eine ungewöhnlich enge, sequenzunabhängige Bindung der RNA-Polymerase an die DNA gekennzeichnet ist, was neue Einblicke in die regulatorische Vielfalt und Nukleoidstruktur dieser pathogenen Bakterien liefert.
Diese Studie zeigt, dass die durch genomische Stress induzierte Überspringung von acht Exons im MDM2-Gen durch distale regulatorische Elemente im finalen Exon gesteuert wird, was das „Exon-Regulon"-Modell stützt und neue Ansatzpunkte für die Krebstherapie bietet.
Die Studie stellt ein kostengünstiges, induzierbares und reversibles Zellmodell vor, das durch schrittweisen SIRT6-Verlust in Neuronen altersbedingte Transkriptomveränderungen und neurodegenerative Merkmale nachahmt und so neue Einblicke in die molekularen Mechanismen des Alterns sowie in die Unterscheidung zwischen physiologischem und pathologischem Altern ermöglicht.
Die Studie zeigt, dass die Destabilisierung von H2A.Z-haltigen Nukleosomen durch den R80C-Mutanten die Seneszenz-assoziierte sekretorische Phänotyp (SASP) in menschlichen Fibroblasten unterdrückt, indem sie die H3K27ac-Acetylierung an SASP-Genloci verringert, ohne den Zellzyklus zu beeinflussen.
Diese Studie entwickelt einen fluoreszierenden Reporter (CHACR), um die Mechanismen der Cas9-vermittelten Allelkonversion zu untersuchen und deren Effizienz durch gezielte Eingriffe in DNA-Reparaturwege für therapeutische Anwendungen zu steigern.
Die Studie zeigt, dass der Hefestamm Komagataella phaffii als Ausnahme unter den Pilzen zwei funktionelle Pho4-Transkriptionsfaktoren kodiert, die teilweise überlappende, aber stimuli-spezifische Rollen bei der Anpassung an Phosphatmangel und alkalischen Stress spielen.
Basierend auf transcriptomischen Analysen zeigt diese Studie, dass Haie im Vergleich zu Rochen und Skate eine signifikant höhere Expression von vier Haupt-DNA-Reparaturwegen aufweisen, was ihnen möglicherweise einen Überlebensvorteil in verschmutzten Meeren und einen besseren Schutz vor Krebs bietet.
Dieses zurückgezogene Manuskript, das sich mit den schützenden und regenerativen Effekten von Östrogen auf extrazelluläre Vesikel kardialer Vorläuferzellen befasste, wird derzeit für eine überarbeitete Neubeinreichung mit zusätzlichen Daten vorbereitet.
Die Studie zeigt, dass ein allelspezifisches Antisense-Oligonukleotid in einem patientenbasierten Modell der Doyne-Honeycomb-Retinaldystrophie die krankheitsverursachende EFEMP1-mRNA effektiv reduziert und dadurch sowohl die extrazellulären Ablagerungen als auch die intrazelluläre Lipidakkumulation auch nach Beginn des Phänotyps rückgängig macht.
Die Studie zeigt, dass Aneuploidie in Krebszellen über die lysosomale Dysregulation und die nachfolgende Aktivierung des Transkriptionsfaktors CEBPB die Expression von PARP1 unterdrückt, was zu einer erhöhten Resistenz gegenüber reaktiven Sauerstoffspezies und einer gesteigerten Metastasierung führt.
Die Studie zeigt, dass altersbedingte Veränderungen in der Membranzusammensetzung die Struktur und Pathogenität von α-Synuclein-Fibrillen beeinflussen, indem sie spezifische Polymorphismen hervorrufen, die zu unterschiedlichen neuronalen Schäden führen.
Die Studie stellt zwei trainingsfreie Inferenzstrategien namens Interpolate-Integrate und Replacement Guidance vor, die es ermöglichen, E(3)-äquivariante Flow-Matching-Modelle zur effizienten Generierung bioisosterer 3D-Moleküle zu steuern, ohne dass ein kostspieliges Nachtrainieren erforderlich ist.